Uther Pendragon règne d’une main de fer sur son royaume. Bannissant tout acte de magie, n’importe quel habitant de la ville surpris à utiliser sorts ou enchantements sera sévèrement puni par la peine de mort. Pourtant, le royaume de Camelot est menacé par Morgana et Morgause, souhaitant détrôner le roi pour le remplacer par Morgana, digne héritière du trône.
Merlin, au courant des manigances de la pupille du roi, tente tant bien que mal de sauvegarder Camelot tout en protégeant Arthur Pendragon. A plusieurs reprises, il empêchera les plans diaboliques de la sorcière d'aboutir, n'hésitant jamais à mettre sa vie en danger.
Morgana arrivera cependant à ses fins, grâce à la Coupe de Vie, qui lui permettra de transformer l'immense armée de Cenred en des milliers de guerriers invincibles. Camelot sera attaqué et le royaume finira par tomber entre les mains de Morgana qui se fera proclamé reine.

Morgana sera alors une reine cruel, sans pitié, exécutant les habitants de Camelot à tour de bras pour tenter d'assouvir sa vengeance. Mais son règne sera de courte durée puisqu'encore une fois, Merlin viendra mettre son grain de sel. Alors que Morgana se croyait à l'abri, Merlin réussira à détruire la Coupe de Vie. Les chevaliers de Camelot, sous les ordres d'Arthur iront reconquérir brillamment leur cité.
Dans un combat violent, Morgana sera déchue et quittera précipitamment le château aux côtés de sa sœur, promettant tout de même de revenir pour reprendre ce qui lui appartient.

Depuis, Camelot vit une paix très fébrile. Les habitants reconstruisent leur ville du mieux qu'ils le peuvent, Uther reprend son rôle de roi. Mais lui même le dit, il est fortement affaiblie, son image de roi est corné. Beaucoup souhaiterait voir Arthur monter sur le trône prématurément.

Alors que la menace se fait de plus en plus pressante, Morgause réunissant une armée de sorciers autour d’elle, Merlin va trouver une alliée de taille : Sephyr. Puissante sorcière, ennemie de toujours de Morgause, elle aidera le jeune sorcier à former lui aussi une armée de sorciers, prêt à combattre Morgause.

Alors que Morgause attaque le château sous l’identité d’un ancien ennemi de Camelot, le combat entre Sephyr et elle se fait rude. Leur magie, tout aussi puissante l’une que l’autre, fait de nombreux ravages dans le château. D’ailleurs, c'est lors d'une attaque simultanée de Sephyr et Morgause que leurs sorts, en se rencontrant, vont bouleverser le présent. En effet, étant d'égal intensité, les deux sorts s'annulent créant ainsi une ouverture dans l'espace-temps.
Dès lors, d’étranges personnages font leur apparition en ville. D’abord considérés comme des fous, de part leur attitude et leurs habits, Merlin découvrira rapidement leurs véritables origines et tentera de rallier ces descendants du futur à leur cause, pour le combat féroce qui s’annonce.